Il protagonista del cartone è Ash Ketchum, un ragazzo di Pallet, deciso a diventare maestro di Pokémon, ovvero a raggiungere il maggior grado di abilità come allenatore. Il giorno in cui finalmente deve ricevere il suo primo Pokémon però si sveglia tardi, e al suo arrivo al laboratorio del Professor Oak, quest'ultimo è costretto a consegnargli l'unico Pokémon rimastogli, un Pikachu, che diventerà la sua inseparabile spalla. L'anime è diviso in varie serie (9 secondo la divisione Usa). Tuttavia si può effettuare una divisione in due serie.
La prima serie, denominata Pokémon, tratta del viaggio di Ash nelle regioni di Kanto e Johto, quest'ultima dopo aver visitato le Isole Orange. Le puntate sono basate sulla prima e la seconda generazione. Insieme ad Ash, viaggeranno Brock (capopalestra di Pewter City) e Misty (la più giovane delle sorelle della palestra di Cerulean City). In seguito, Tracey Sketchit, disegnatore e osservatore di Pokémon, prenderà temporaneamente il posto di Brock, accompagnando Ash attraverso le Isole Orange. Il rivale di Ash è Gary Oak, nipote del Professor Oak.
La seconda serie, chiamata Pocket Monsters Advanced Generation, invece è completamente ambientatata Hoenn, qui Ash cattura vari Pokémon della terza generazione. In questa serie Ash fa da insegnante e mentore a Vera, una giovane allenatrice. Insieme a loro viaggia Max, fratello minore di Vera, assai preparato sui Pokémon, ma troppo giovane per essere un allenatore. Brock torna a far parte del gruppo, invece Misty si reca a Cerulean City per aiutare le sorelle nella palestra di famiglia. Questa serie è basata sulla terza generazione.
Infine, quando Ash ritorna a Pallet, nella regione Kanto, incontra Misty che li accompagna fino Cerulean City.
La serie animata ha raggiunto i 500 episodi (con gli episodi speciali) con la Saga di Shin'ou.
